Myślę że problemem nie jest sam Agile, bo Waterfall też nie gwarantuje przyjemnej pracy i udanego produktu.
Według mnie główną przyczyną większości problemów które wymieniłeś jest brak kompetencji wśród pracowników IT, zarówno koderów jak i managementu (głównie). Agile jest reklamowany jako panaceum na wszystkie problemy i cześć osób decyzyjnych to łyka. Zamiast naprawić to co rzeczywiście jest problemem (zanim wystąpi) to zasłaniają problemy "metodykami zwinnymi" w których z definicji wszystko jest bardziej rozmyte i można dalej niczym się nie martwić. A co dalej? - jak się coś wyjebie to zadziałamy doraźnie i reakcyjnie - (przy)zgasimy pożar i wszyscy będę happy (oczywiście nie wyciągniemy z tego wniosków bo wtedy trzeba byłoby coś zrobić).
A co z tym zrobić? Jest ogromne ssanie na rynku i każdy dobry programista bez problemu coś sobie znajdzie. Trzeba szukać lepszego świata :)