Wśród głównych przyczyn można wymienić:

• Brak dobrych wycen przez NFZ procedur diagnostycznych
• Traktowanie lekarzy patomorfologów przez innych lekarzy jako gorszych od lekarzy klinicystów, gdyż w myśleniu pojawia się idea, że patolog to ktoś w stylu diagnosty laboratoryjnego.
• Długa i żmudna specjalizacja, w której trzeba poznać niesamowitą ilość chorób i ich manifestacji bez ograniczenia do jednej specjalizacji.
• Niezbyt dobre zaplecze techniczne dla pracy patomorfologów. Choć sytuacja się poprawia zwłaszcza przy ośrodkach wojewódzkich czy klinicznych.