コミケとは、コミックマーケット準備会が主催する世界最大の同人誌即売会のことです。
コミケはコスプレや、2次創作（ドラゴンボールのキャラで自分でマンガを描くなど）がありの大規模な同人誌即売会です。
一方、COMITIAは1次創作（オリジナル作品）のみで、コスプレもNGです。
コミケほどではありませんが、こちらもかなりの数のサークルが参加しています。
以上が大まかな違いです。