Mutombo foi selecionado pelo Denver Nuggets na quarta posição do Draft de 1991 e ficou na franquia até 1996. Depois, passou por Atlanta Hawks (1996 a 2001), Philadelphia 76ers (2001 a 2002), New Jersey Nets (2002 a 2003), New York Knicks (2003 a 2004) e Houston Rockets (2004 a 2009).