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Si pero pierdo control total de bajar y subir seguros, claro no se suben los vidrios tampoco, no sé cómo aislar esa señal.

Hay que revisar el cableado de la puerta a ver si el vidrio y los seguros tienen un cable comun

Revisa si algún cable sale también a los eleva vidrios desde la alarma, recordando un poco que las alarmas funcionan bajo un pulso puede ser + o - y el pulso que activa los seguros mayormente es negativo