Lady Daenerys Targaryen, also known as Dany and Daenerys Stormborn, is the younger sister of Rhaegar Targaryen and Viserys Targaryen, the paternal aunt of Jon Snow, and the youngest child of King Aerys II Targaryen and Queen Rhaella Targaryen, who were both ousted from the Iron Throne during Robert Baratheon's rebellion.
Daenerys et Viserys vivent chez un magistrat de Pentos nommé Illyrio Mopatis, qui a arrangé pour Daenerys un mariage avec un seigneur Dothraki du nom de Khal Drogo. Ce mariage est censé apporter au cruel et vain Viserys l'armée dont il a besoin pour reconquérir le Trône de Fer. Daenerys n'est guère enthousiasmée par ce mariage avec un barbare deux fois plus âgé qu'elle, mais elle finit au fil du temps par l'aimer. Illyrio offre en outre à Daenerys trois œufs de dragon, qu'il pense pétrifiés.Avant que Viserys ne puisse obtenir son armée, le khalasar de Khal Drogo doit aller consulter les devineresses du Dosh khaleen en traversant l'immense plaine dothrak. C'est une longue chevauchée pour l'impatient Viserys qui ne supporte pas les coutumes barbares du peuple des chevaux. Daenerys, quant à elle, apprécie de plus en plus ce mode de vie et s'éloigne de l'influence de son frère. Elle se lie également d'amitié avec un chevalier exclu des Sept Couronnes, ser Jorah Mormont, qui a rejoint Viserys. En route, alors qu'elle a tout juste seize ans, elle découvre qu'elle est enceinte.
Avec les rares membres du khalasar qui lui sont restés fidèles et ser Jorah, Daenerys se dirige vers l'Est. Commence alors une longue période d'errance dans le Désert rouge où Daenerys finit par réaliser qu'elle pourrait y mourir. Elle tente de nourrir ses dragons mais ceux-ci refusent de manger. Son cheval finit par mourir d'épuisement et Daenerys décide d'envoyer ses sang-coureurs à la recherche d'aide. Ils finissent par parvenir à la cité de Qarth, dirigée par l'oligarchie des Treize, qui accueillent Daenerys avec réticence.Les Treize se montrent très peu accueillants envers elle, désirant voir ses dragons. Daenerys, en colère, les menace même si les portes de la ville demeurent closes. Finalement, l'un des Treize, un homme appelé Xaro Xhoan Daxos, se porte garant d'elle. Ainsi, Daenerys et son peuple deviennent les invités de Qarth. Daenerys apprend à Drogon à cracher du feu à sa demande grâce au mot "dracarys". La Mère des dragons suggère à sa servante Doreah d'utiliser ses talents de séductrice pour en apprendre plus sur Xaro.
Daenerys embarque à bord des navires et se dirige vers la baie des Serfs où elle compte s'offrir une armée d'Immaculés, des guerriers esclaves insensibles à la douleur. Sur le port, elle est sauvée d'un tueur à gages par l'intervention d'un vieil homme nommé Barristan Selmy. Par la suite, face à l'esclavagiste, elle échange l'un de ses dragons contre l'intégralité des Immaculés de la cité d'Astapor, mais une fois les guerriers acquis, elle fait passer au fil de l'épée tous les esclavagistes de la ville et récupère son dragon. Les Immaculés, libres de tout serment, jurent allégeance à Daenerys et l'accompagnent dans son voyage. Forte de son armée et de la libération d'Astapor, Daenerys se met en route vers la cité esclavagiste voisine de Yunkaï.Grâce à cette stratégie, Daenerys parvient à faire libérer les esclaves de Yunkaï qui rejoignent son armée. Le peuple l'appelle Mhysa, ce qui signifie Mère. Daenerys est désormais puissante avec une grande armée, trois dragons et un but bien précis : libérer la Baie des Serfs des esclavagistes.
Avec les Immaculés et les Puînés, Daenerys se dirige vers Meereen pour libérer la ville. Elle y arrive par la ruse en y faisant entrer une partie de ses hommes par les égouts. Elle doit faire face au fait que Ser Jorah, qui était devenu son principal conseiller, s'avère être un traître qui travaillait autrefois pour l'usurpateur Robert Baratheon, avant qu'il ne tombe amoureux d'elle et n'arrête ses activités d'espionnage. Une fois Ser Jorah envoyé en exil, Daenerys apprend la nouvelle de la reconquête d'Astapor. Refusant de laisser subir à Meereen le même sort, Daenerys décide alors de s'installer dans cette ville et de la gouverner. Suite à des meurtres causés par ses dragons, Daenerys décide de les emprisonner sous la Pyramide. Seul Drogon est en liberté.
Cette saison présente une Daenerys en difficulté. L'apparition des Fils de la Harpie menace son règne. En effet, ce groupuscule veut que la reine parte et que l'esclavage soit rétabli, et massacrent des Immaculés. Politiquement, Daenerys tente d'établir un semblant de justice mais certains conseillers lui désobéissent. De plus, la reine réalise que ses dragons se rebellent. Drogon est en effet en liberté. Afin de rétablir la paix dans la ville, Daenerys accepte d'épouser Hizdahr zo Loraq et de réouvrir la Grande Arène. Elle choisit également Tyrion Lannister comme conseiller afin de remplacer Ser Barristan mort héroïquement après un combat face aux Fils de la Harpie. Lors d'un combat d'arène, des membres de la Harpie tentent d'attaquer Daenerys mais elle parvient à s'enfuir sur le dos de Drogon. Elle finit capturée par une horde de Dothrakis.
Prisonnière des Dothrakis, Daenerys révèle qu'elle est la veuve de Khal Drogo. Elle est alors escortée à Vaes Dothrak mais parvient à échapper à un destin incertain en piégeant les Khals et en les brûlant. Tous les Dothrakis lui jurent allégeance. Avec Daario et son peuple, elle repart à Meereen. Sur le dos de Drogon, elle y retourne et découvre que la ville est attaquée par une alliance de la baie des Serfs.
Lors de la bataille de Meereen, Daenerys chevauche Drogon et, aidée par les autres dragons Rhaegal et Viserion, elle parvient à détruire la flotte. Elle exécute deux Judicieux et en laisse un en vie pour qu'il envoie un message aux esclavagistes : continuez l'esclavage et Daenerys et ses dragons viendront pour vous. Lors de la bataille, ses dragons font preuve d'une obéissance parfaite.
Daenerys arrive à Peyredragon pour la première fois depuis sa naissance, accompagnée de Tyrion, Missandei, Varys et de Ver Gris. Elle prend le temps d'explorer la maison de ses ancêtres, et en profite pour enlever une des anciennes bannières de Stannis Baratheon. Après avoir examiné la table peinte de Westeros, Daenerys demande à sa Main quand elle pourra commencer sa conquête. Peu après, elle rencontre Jon Snow, le Roi du Nord, qui espère s'allier avec elle pour combattre le Roi de la Nuit et ses Marcheurs Blancs, et pour avoir l'autorisation d'exploiter les mines de verredragon présentes sur Peyredragon. Daenerys ne croyant pas en l'existence des Marcheurs Blancs, Jon décide de se rendre au-delà du Mur afin de lui ramener un spectre et de la convaincre de leur existence, mais il se retrouve en mauvaise posture, son groupe étant attaqué par des milliers de spectres. Suite à la réception d'une missive lui expliquant la situation, elle décide de se rendre au-delà du Mur avec ses dragons, contre l'avis de Tyrion. Elle réussit à sauver les compagnons en les faisant monter sur Drogon avec le spectre qu'ils ont capturé. Viserion est cependant tué par un javelot de glace lancé par le Roi de la Nuit, et Jon leur ordonne de partir en le laissant sur place pour couvrir leur fuite. Ils évitent un second javelot de justesse. Plus tard, à Fort-Levant, elle attend le retour de Jon, et veille sur ce dernier lorsqu'il se remet de ses blessures à bord du navire qui les ramène à Peyredragon.
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